- 行政單位 Administrative Units
- 副校長室/Office of Senior Vice President
- 秘書室/Office of the Secretariat
- 教務處/Office of Academic Affairs
- 學生事務處/Office of Student Affairs
- 總務處/Office of General Affairs
- 環境保護暨安全衛生中心/Environmental Protection and Safety Center
- 研究發展處/Office of Research and Development
- 校友服務暨社會責任中心/Center for Alumni Services and Social Engagement
- 國際事務處/Office of Academic Affairs
- 圖書與資訊處/Office of Library & Information Services
- 人事室/ Office of Personnel Services
- 藝文中心/Arts Center
- 全球產學營運及推廣處/Office of Global Industry-Academe Collaboration and Advancement
- 主計室/ Office of Accounting
- 學術單位 Academic Units
- 文學院/College of Liberal Arts
- 理學院/College of Science
- 工學院/College of Engineering
- 管理學院/College of Management
- 海洋科學學院/College of Marine Sciences
- 社會科學院/College of Social Sciences
- 西灣學院/Si Wan College
- 醫學院/College of Medicine
- 國際金融研究學院/ School of Banking and Finance
- 半導體及重點科技研究學院 /College of Semiconductor and Advanced Technology Research
- 研究中心 Research Centers
- 工程技術研究推展中心/Engineering Technology Research & Promotion Center
- 南區促進產業發展研究中心/Southern Taiwan Industry Promotion Center
- 海洋科技研究中心/Marine Science and Technology Center
- 水資源研究中心/Center for Water Research Studies
- 奈米科技研發中心/Center for Nano Science and Nano Technology
- 創意與創新研發中心/The Research Center for Creativity and Innovation
- 新興污染物研究中心/Center for Emerging Containment Research
- 資訊安全研究中心/Information Security Research Center
- 數位內容及多媒體技術研究中心/Digital Content and Multimedia Technology Research Center
- 西灣學院公民素養推動研究中心
- 國立中山大學人工智慧研究暨產業推廣中心/Artificial Intelligence Research and Promotion Center
- 南島民族社會文化發展中心/Center for Austronesia Social and Cultural Development
- 國立中山大學中文系客家研究中心/Hakka Research Center
- 智慧操控水下載具平台技術研發學研中心/Academia Research Center of Underwater Vehicles
- 智慧電子商務研究中心/Sustainable Intelligent Electronic Commerce Research Center
- 毒藥物暨生醫快篩科技研究中心/Rapid Screening Research Center for Toxicology and Biomedicine
- 國立中山大學代謝異常脂肪肝卓越研究中心/Center of Excellence for Metabolic Associated Fatty Liver Disease
- 日本研究中心/Center for Japanese Studies
- 李登輝政府研究中心/The Lee Teng-Hui Center for Governmental Studies
- 氣膠科學研究中心/Aerosol Science Research Center
- 功能性高分子暨超分子材料研究中心/Functional Polymers and Supramolecular Materials Research Center
- 其他單位